Elektroforetyczny rozdział fragmentów DNA, będących mp3 za darmo produktami trawienia restrykcyjnego lub reakcji PCR, przeprowadzano w żelu agarozowym, o stężeniu agarozy 0,8 – 1,2 %, z dodatkiem bromku etydyny o końcowym stężeniu 0,3 μg/ml mp3 za darmo, w buforze 0,5 x TBE. Elektroforezę prowadzono w stałym polu elektrycznym przy spadku napięcia 2 – 10 V/cm długości żelu, Fragmenty DNA wybarwione bromkiem etydyny wizualizowano w świetle mp3 za darmo UV. Masę rozdzielonych fragmentów DNA szacowano przez porównanie z odpowiednimi standardami wagowymi.